Struktur kristal heterodimer transkripase terbalik HIV (kuning dan hijau), dengan domain RNase H ditunjukkan dalam warna biru (tapak aktif dalam sfera magenta). Untaian asid nukleik oren ialah RNA, dan untaian merah ialah DNA.[44]

Dua kumpulan virus menggunakan transkripsi terbalik sebagai sebahagian daripada kitaran hayatnya: retrovirus yang mengekod genomnya dalam RNA untai tunggal dan mereplikasi melalui perantaraan DNA untai dua; dan virus dsDNA-RT, yang mereplikasi genom DNA rantai dua melalui perantaraan "pragenom" RNA. Contoh patogenik termasuk HIV dan virus hepatitis B, masing-masing. Kedua-dua mengekod protein transkripase terbalik (RT) pelbagai fungsi besar yang mengandungi domain RNase H.[45][46]

Protein RT retrovirus daripada HIV-1 dan virus leukemia murin ialah ahli keluarga yang paling lazim dikaji.[47][48] RT retrovirus bertanggungjawab dalam menukar genom RNA untai tunggal virus kepada DNA dwiuntai. Proses ini memerlukan tiga langkah: pertama, aktiviti polimerase DNA bergantungan RNA menghasilkan DNA untai tolak daripada templat RNA untai tambah, menghasilkan perantara hibrid RNA:DNA; kedua, helai RNA dimusnahkan; dan ketiga, aktiviti polimerase DNA bergantungan DNA mensintesis DNA untai tambah, menghasilkan DNA dwiuntai sebagai produk akhir. Langkah kedua proses ini dijalankan oleh domain RNase H yang terletak di terminal C protein RT.[4][5]</ref>[49][50]

RNase H melakukan tiga jenis tindakan pembelahan: penguraian tak khusus genom RNA untai tambah, penyingkiran khusus primer tRNA untai tolak, dan penyingkiran primer saluran polipurina (PPT) yang kaya purina tambah.[51] RNase H memainkan peranan dalam pemprimeran untaian tambah, tetapi bukan dalam kaedah konvensional untuk mensintesis jujukan primer baharu. Sebaliknya, RNase H mencipta "primer" daripada PPT yang tahan belahan RNase H. Dengan mengalih keluar semua tapak kecuali PPT, PPT digunakan sebagai penanda penghujung kawasan U3 ulangan terminal panjangnya.[50]

Oleh kerana aktiviti RNase H diperlukan dalam percambahan virus, domain ini telah dianggap sebagai sasaran ubat bagi pembangunan ubat antiretrovirus yang digunakan dalam rawatan HIV/AIDS dan keadaan lain yang disebabkan oleh retrovirus. Perencat RNase H retrovirus dalam beberapa kemotip berbeza telah dikenal pasti, kebanyakannya mempunyai mekanisme tindakan berdasarkan pengkelatan kation tapak aktif.[52] Perencat transkriptase terbalik yang secara khusus menghalang fungsi polimerase RT adalah dalam penggunaan klinikal yang meluas, tetapi bukan perencat fungsi RNase H; ia adalah satu-satunya fungsi enzim dikodkan HIV yang belum disasarkan oleh ubat-ubatan dalam penggunaan klinikal.[49][53]